全基因體組裝(Whole Genome Assembly)
組裝品質檢查(Assembly Quality Control)
單核苷酸變異與插入缺失分析(SNV/InDel Analysis)
結構變異分析(Structural Variation Analysis)
轉座子註解(Transposon Annotation)
基因結構註解(Gene Structure Annotation)
基因家族與直系同源分析(Orthogroup Analysis)
基因功能註解(Functional Annotation)
轉錄體序列比對(RNA-seq Mapping)
RNA 層級變異分析(RNA-level Variant Analysis)
差異表現分析(Differential Expression Analysis)
功能分類分析(Functional Enrichment Analysis)
共表現網絡分析(Co-expression Network Analysis)
數據視覺化呈現(Data Visualization)
適合第一次進行全基因體研究、或需要高品質 reference 的團隊。
以長讀序(PacBio/ONT)為主,搭配必要的短讀序修補與Hic或10x linked read。提供高連續度、低錯誤率的 genome draft。
使用 BUSCO、LAI、QV、read mapping、錯誤偵測等方法檢查完整性、連續性與可信度。讓您清楚掌握基因體是否可作為 downstream analysis 的可靠基礎。
適合集群分析、品系比較、突變體研究。
在不同樣本間比對單一核苷酸變異與短插入刪除變異。
輸出可直接用於育種標記開發或群體分析。
偵測大片段插入、刪除、倒位、重複、轉位。
特別適用於植物基因體中常見的 TE 活動與重排。
包含分類、家族界定、結構性 TE 偵測與基因體分布分析。協助您理解 TE 在品系差異、表型變異中的角色。
整合 RNA-seq 與蛋白序列資訊,建立可信的基因模型。產出可用來做基因家族、功能預測與 pathway 分析的 annotation set。
解析不同品系/物種間基因家族的保守性與分化情形。適合討論性狀演化、功能擴張與基因複製事件。
除了比對阿拉伯芥註解和NCBI NR資料庫至外,也包含 GO、KEGG、pfam、InterPro、transcription factor、kinase,並整合多種 evidence,用來支持假說建立或後續實驗。
A套餐: 全基因體組裝 + QC (建立一個可靠的 reference 基因體)
A套餐+C套餐: Starter + 基因註解 + TE 註解 (適合做功能基因分析、TE 研究)
A套餐+B套讚+D套餐: Standard + SNV/SV + Orthogroups (適合跨品系比較、性狀差異研究)
所有 8 項服務 (從 DNA 到功能,到演化,一條龍完成)
適合第一次進行 RNA-seq、或需要穩定表現矩陣作為後續分析基礎的團隊。
使用 STAR / GSNAP 或 Salmon / kallisto 等方法進行比對與定量,產出可直接用於 downstream 分析的 BAM、counts 與 TPM。
提供基本 QC 圖像(read 分布、sample correlation)、PCA / clustering,協助快速檢查樣本品質與分群狀態。
適合比較處理、基因型、時間點差異,並同時關心 RNA 層級變異的研究。
依實驗設計建立比較架構,採用 DESeq2 / edgeR 等方法,產出穩健的差異基因清單與比較摘要。
以 alignment-based 結果偵測表現基因中的 SNV / INDEL,必要時可與基因體變異結果對照,用於突變體解析或候選位點篩選。
適合希望從表現資料中抽出 pathway 級訊息與調控網路的團隊。
針對差異基因或 gene set 進行 GO、KEGG 等 enrichment,整理出與處理、基因型或時間階段相關的關鍵生物過程。
以穩定化後的表現矩陣建立共表現模組(例如 WGCNA),找出與表型或處理高度相關的 gene modules 與 hub genes,作為機制假說與後續驗證實驗的起點。
A 套餐:轉錄體基礎建置 (Mapping + QC,建立穩定、可用的表現矩陣)
A 套餐 + B 套餐:Starter + 差異表現 + RNA 變異 (適合處理/基因型/時間點的表現差異分析)
A 套餐 + B 套餐 + C 套餐:Standard + 功能分類 + 共表現網絡 (適合尋找 pathway, modules, hub genes 與機制假說)
A + B + C 全包(完整 RNA 分析),可搭配全方位基因體分析套餐,用於 DNA × RNA 整合研究。