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Introduction / 簡介
Introduction / 簡介
全方位基因體分析套餐 (Whole genome analysis)
全方位基因體分析套餐 (Whole genome analysis)
全基因體組裝（Whole Genome Assembly）
組裝品質檢查（Assembly Quality Control）
單核苷酸變異與插入缺失分析（SNV/InDel Analysis）
結構變異分析（Structural Variation Analysis）
轉座子註解（Transposon Annotation）
基因結構註解（Gene Structure Annotation）
基因家族與直系同源分析（Orthogroup Analysis）
基因功能註解（Functional Annotation）
全方位轉錄體分析套餐 (Trasnscriptome analysis)
全方位轉錄體分析套餐 (Trasnscriptome analysis)
轉錄體序列比對（RNA-seq Mapping）
RNA 層級變異分析（RNA-level Variant Analysis）
差異表現分析（Differential Expression Analysis）
功能分類分析（Functional Enrichment Analysis）
共表現網絡分析（Co-expression Network Analysis）
數據視覺化呈現（Data Visualization）
全方位基因體分析套餐 (Whole genome analysis)
全方位基因體分析套餐 (Whole genome analysis)
A 套餐：基礎基因體建置（DNA 層級）
A 套餐：基礎基因體建置（DNA 層級）
適合第一次進行全基因體研究、或需要高品質 reference 的團隊。
1. 全基因體組裝（Whole Genome Assembly）
1. 全基因體組裝（Whole Genome Assembly）
以長讀序（PacBio/ONT）為主，搭配必要的短讀序修補與Hic或10x linked read。提供高連續度、低錯誤率的 genome draft。
2. 組裝品質檢查（Genome Assembly QC）
2. 組裝品質檢查（Genome Assembly QC）
使用 BUSCO、LAI、QV、read mapping、錯誤偵測等方法檢查完整性、連續性與可信度。讓您清楚掌握基因體是否可作為 downstream analysis 的可靠基礎。
B 套餐：基因體結構與序列變異解析
B 套餐：基因體結構與序列變異解析
適合集群分析、品系比較、突變體研究。
1. SNV/INDEL 分析
1. SNV/INDEL 分析
在不同樣本間比對單一核苷酸變異與短插入刪除變異。
輸出可直接用於育種標記開發或群體分析。
2. 結構變異（SV）分析
2. 結構變異（SV）分析
偵測大片段插入、刪除、倒位、重複、轉位。
特別適用於植物基因體中常見的 TE 活動與重排。
C 套餐：功能元件建構（TE 與 Gene 層級）
C 套餐：功能元件建構（TE 與 Gene 層級）
1. 轉座子註解（TE Annotation）
1. 轉座子註解（TE Annotation）
包含分類、家族界定、結構性 TE 偵測與基因體分布分析。協助您理解 TE 在品系差異、表型變異中的角色。
2. 基因註解（Gene Annotation）
2. 基因註解（Gene Annotation）
整合 RNA-seq 與蛋白序列資訊，建立可信的基因模型。產出可用來做基因家族、功能預測與 pathway 分析的 annotation set。
D 套餐：跨品系功能與演化比較
D 套餐：跨品系功能與演化比較
1. 基因家族與直系同源群（Orthogroup Analysis）
1. 基因家族與直系同源群（Orthogroup Analysis）
解析不同品系/物種間基因家族的保守性與分化情形。適合討論性狀演化、功能擴張與基因複製事件。
2. 功能註解（Functional Annotation）
2. 功能註解（Functional Annotation）
除了比對阿拉伯芥註解和NCBI NR資料庫至外，也包含 GO、KEGG、pfam、InterPro、transcription factor、kinase，並整合多種 evidence，用來支持假說建立或後續實驗。
套餐組合方式
套餐組合方式
入門組合（Starter）
入門組合（Starter）
A套餐: 全基因體組裝 + QC (建立一個可靠的 reference 基因體)
標準組合（Standard）
標準組合（Standard）
A套餐+C套餐: Starter + 基因註解 + TE 註解 (適合做功能基因分析、TE 研究)
比較組合（Comparative）
比較組合（Comparative）
A套餐+B套讚+D套餐: Standard + SNV/SV + Orthogroups (適合跨品系比較、性狀差異研究)
全配組合（Complete）
全配組合（Complete）
所有 8 項服務 (從 DNA 到功能，到演化，一條龍完成)
全方位轉錄體分析套餐 (Trasnscriptome analysis)
全方位轉錄體分析套餐 (Trasnscriptome analysis)
A 套餐：轉錄體基礎建置（RNA 層級）
A 套餐：轉錄體基礎建置（RNA 層級）
適合第一次進行 RNA-seq、或需要穩定表現矩陣作為後續分析基礎的團隊。
1. 轉錄體序列比對（RNA-seq Mapping）
1. 轉錄體序列比對（RNA-seq Mapping）
使用 STAR / GSNAP 或 Salmon / kallisto 等方法進行比對與定量，產出可直接用於 downstream 分析的 BAM、counts 與 TPM。
2. 數據視覺化呈現（Data Visualization）
2. 數據視覺化呈現（Data Visualization）
提供基本 QC 圖像（read 分布、sample correlation）、PCA / clustering，協助快速檢查樣本品質與分群狀態。
B 套餐：表現與變異解析（Expression & RNA Variant）
B 套餐：表現與變異解析（Expression & RNA Variant）
適合比較處理、基因型、時間點差異，並同時關心 RNA 層級變異的研究。
1. 差異表現分析（Differential Expression Analysis）
1. 差異表現分析（Differential Expression Analysis）
依實驗設計建立比較架構，採用 DESeq2 / edgeR 等方法，產出穩健的差異基因清單與比較摘要。
2. RNA 層級變異分析（RNA-level Variant Analysis）
2. RNA 層級變異分析（RNA-level Variant Analysis）
以 alignment-based 結果偵測表現基因中的 SNV / INDEL，必要時可與基因體變異結果對照，用於突變體解析或候選位點篩選。
C 套餐：功能與網絡探索（Functional & Network 層級）
C 套餐：功能與網絡探索（Functional & Network 層級）
適合希望從表現資料中抽出 pathway 級訊息與調控網路的團隊。
1. 功能分類分析（Functional Enrichment Analysis）
1. 功能分類分析（Functional Enrichment Analysis）
針對差異基因或 gene set 進行 GO、KEGG 等 enrichment，整理出與處理、基因型或時間階段相關的關鍵生物過程。
2. 共表現網絡分析（Co-expression Network Analysis）
2. 共表現網絡分析（Co-expression Network Analysis）
以穩定化後的表現矩陣建立共表現模組（例如 WGCNA），找出與表型或處理高度相關的 gene modules 與 hub genes，作為機制假說與後續驗證實驗的起點。
套餐組合方式
套餐組合方式
入門組合（Expression Starter)
入門組合（Expression Starter)
A 套餐：轉錄體基礎建置 (Mapping + QC，建立穩定、可用的表現矩陣)
標準組合（DE Standard）
標準組合（DE Standard）
A 套餐 + B 套餐：Starter + 差異表現 + RNA 變異 (適合處理/基因型/時間點的表現差異分析)
機制組合（Mechanism Explorer）
機制組合（Mechanism Explorer）
A 套餐 + B 套餐 + C 套餐：Standard + 功能分類 + 共表現網絡 (適合尋找 pathway, modules, hub genes 與機制假說)
整合組合（Integration Complete）
整合組合（Integration Complete）
A + B + C 全包（完整 RNA 分析），可搭配全方位基因體分析套餐，用於 DNA × RNA 整合研究。
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